La science est fondamentale pour la CCAMLR. La Convention elle-même est née de la préoccupation des scientifiques devant l'émergence d'un intérêt pour l'exploitation à grande échelle du krill antarctique, laquelle, suite à l'exploitation non durable des poissons dans les régions subantarctiques à la fin des années 60 et au début des années 70, pourrait avoir des conséquences désastreuses pour l'écosystème.

En 1975, les Parties consultatives au Traité sur l'Antarctique (PCTA) notaient la nécessité d'orienter l'attention vers la recherche scientifique comme base essentielle pour la protection et l'utilisation rationnelle des ressources marines vivantes de l'Antarctique. En réponse à une demande des PCTA, le Comité scientifique pour la recherche antarctique (SCAR) a lancé en 1977 le programme BIOMASS (Recherches biologiques sur les systèmes et les réserves marines de l'Antarctique) pour « approfondir les connaissances de la structure et de la dynamique de l'écosystème marin de l'Antarctique, qui serviront de base à la gestion des ressources vivantes ». Les résultats scientifiques du programme BIOMASS sont à la base du rôle primordial de la science dans la Convention CAMLR et de son utilisation par la Commission dans la réalisation de ses objectifs.

Les avis scientifiques au sein de la CCAMLR sont émis principalement par le Comité scientifique et ses groupes subsidiaires. La Convention exige de la Commission qu'elle tienne « pleinement compte des recommandations et avis émis par le Comité scientifique ». Cette importance accordée à la science a été réitérée en 2009 dans la Resolución 31/XXVIII sur l'utilisation des meilleures informations scientifiques disponibles.