Les pêcheries de la Zone de la Convention visent actuellement la légine australe (Dissostichus eleginoides), la légine antarctique (Dissostichus mawsoni), le poisson des glaces (Champsocephalus gunnari) et le krill antarctique (Euphausia superba). Ces pêcheries sont gérées selon l'approche écosystémique et de précaution, et des objectifs de gestion qui équilibrent la « conservation » et « l'utilisation rationnelle » des ressources vivantes et maintiennent les relations écologiques existantes. Elles fonctionnent dans un cadre réglementaire reconnaissant cinq types de pêcheries qui reflètent le stade de développement et le niveau d'information disponible pour prendre des décisions relatives à la gestion.
Des limites de capture sont convenues pour chaque pêcherie au moyen de règles de décision garantissant la durabilité à long terme de la pêcherie. Ces limites et les autres aspects opérationnels définis dans les mesures de conservation déterminent quand, où et comment les pêcheries sont menées afin d'assurer la gestion des impacts potentiels sur l'écosystème. Ces dispositions sont généralement propres à chaque saison de pêche et s'appliquent actuellement aux pêcheries de légine, de poisson des glaces et de krill. D'autres pêcheries sont apparus à diverses époques par le passé puis ont disparu.
Le suivi des pêcheries est assuré sur la base des informations déclarées au secrétariat en temps réel ou à courts intervalles pendant la saison de pêche.
Le Comité scientifique et ses groupes de travail spécialisés examinent chaque année l'état et la gestion des pêcheries en s'appuyant sur les connaissances scientifiques et les informations les plus sûres, notamment des données détaillées provenant des pêcheries, de campagnes d'évaluation des pêches et du Système international d'observation scientifique de la CCAMLR (SISO.
Les pays membres prévoient des stratégies de gestion complémentaires dans les secteurs de la zone de la Convention relevant de leur juridiction, comme les eaux adjacentes aux îles du Prince Édouard et Marion (Afrique du Sud) et aux îles Crozet et Kerguelen (France).