Программа АНТКОМ по мечению находится в ведении Секретариата, который предоставляет промысловым судам, участвующим в программе, стандартизованные протоколы и оборудование для мечения. Эта стандартизация является необходимым компонентом программы мечения, т. к. АНТКОМ использует коэффициенты мечения–повторной поимки при промысле как основу для оценки численности клыкача.
Секретариат получает и хранит данные обо всех помеченных рыбах и о последующей повторной поимке этих рыб. Каждая повторная поимка связана с событием мечения для проверки достоверности данных, используемых в оценках популяции, а также для анализа темпов перемещения и роста рыб.
При оценке численности клыкача АНТКОМ использует подход "поимка–повторная поимка". В ходе своих обычных операций суда должны метить и выпускать рыб и сообщать обо всех случаях повторной поимки помеченных рыб. Численность рыб затем можно оценить исходя из допущения о том, что доля помеченных рыб в общей популяции будет равна доле помеченных рыб, зарегистрированных в уловах. Популяцию затем можно оценить на основе данных об общем вылове, количестве помеченных рыб и количестве повторно пойманных рыб. Подробные требования программы мечения изложены в Мере по сохранению 41-01, а результаты программы мечения, в т. ч. использование данных и уточнения к программе, широко обсуждаются в WG-FSA.
Хотя в ходе промыслов АНТКОМ мечение скатов не является обязательным, когда имеет место мечение этих видов от операторов требуется соблюдение протоколов АНТКОМ по мечению клыкача и скатов.
В разделе Информация о заказе оборудования для выполнения Программы АНТКОМ по мечению приводится информация о приобретении оборудования для мечения в Секретариате АНТКОМ.