Lorsque la Convention CAMLR est entrée en vigueur, elle a établi le Comité scientifique (SC-CAMLR). Tous les membres de la Commission sont également membres du Comité scientifique.
Le Comité scientifique donne à la Commission les meilleures informations scientifiques disponibles sur les niveaux d'exploitation et autres questions de gestion. La Commission est alors tenue, conformément à la Convention, de tenir pleinement compte dans ses décisions des recommandations et avis émis par le Comité scientifique.
Le Comité scientifique tient compte des résultats des recherches menées par les membres de la CCAMLR dans le cadre de programmes nationaux. De plus, la CCAMLR a établi plusieurs programmes de collecte des données requises pour une gestion efficace de l'océan Austral, à savoir :
- le programme de suivi des pêcheries
- le programme d'observateurs scientifiques à bord des navires de pêche
- le programme de suivi de l'écosystème et le programme sur les débris marins.
Le Comité scientifique se réunit chaque année juste avant la réunion de la Commission. Afin de traiter des domaines scientifiques très variés susceptibles d'influer sur les décisions de la Commission, le Comité scientifique a établi plusieurs groupes de travail qui se réunissent pendant l'année et aident à formuler des avis scientifiques sur des domaines clés.
Actuellement, il y a cinq groupes de travail :
- Groupe de travail sur le contrôle et la gestion de l'écosystème (WG-EMM)
- Groupe de travail chargé de l'évaluation des stocks de poissons (WG-FSA)
- Groupe de travail sur les statistiques, les évaluations et la modélisation (WG-SAM)
- Groupe de travail sur la mortalité accidentelle liée à la pêche (IMAF)
- Groupe de travail sur les méthodes d'évaluation acoustique et d'analyse (WG-ASAM)
Le WG-EMM, le WG-FSA, le WG-SAM et le WG-ASAM se réunissent généralement chaque année, alors que le WG-IMAF ne le fait qu'à la demande du Comité scientifique. Tous les groupes rendent compte de leurs conclusions directement au Comité scientifique.
Le président du Comité scientifique est élu par les Membres pour un mandat de deux réunions, renouvelable une fois. César Cárdenas (Chili) est le président actuel.